Redaccion 
Un artículo en la revista Methods of Information in Medicine critica las ontologías computacionales utilizadas en biomedicina, y que están basadas puramente en ideas filosóficas, sugiriendo sus limitaciones científicas. Los autores del trabajo son cinco profesores e investigadores de la Facultad de Informática de la Universidad Politécnica de Madrid, y uno de la Universidad de Rutgers.
Según informa la Facultad de Informática de la UPM en un comunicado, entre las limitaciones se encontrarían aspectos como la falta de adecuación de los enfoques aristotélicos a diversos aspectos de las ontologías computacionales, la aceptación a priori de una supuesta realidad ontológica externa, la no consideración de aspectos como la organización y emergencia en biología, las diferencias fundamentales de las ontologías de base filosófica clásica con las teorías científicas modernas, y los problemas para abordar otras cuestiones como la representación de formas y estructuras gráficas y de volúmenes.
Evaluación científica necesaria
Los autores de este artículo señalan, además, los problemas que el uso de estas metodologías basadas tan estrictamente en la filosofía pudieran introducir en la biomedicina, desde el punto de vista científico.
Este artículo, el primero publicado en el área de la biomedicina y la informática biomédica con un análisis crítico de estos enfoques filosóficos, sugiere la necesidad de evaluar científicamente las ontologías de base aristotélica.
Por ejemplo, los autores analizan enfoques filosóficos recientes realizados para construir ontologías de formas y estructuras gráficas o visuales (en dos y tres dimensiones) y sugieren que no consideran adecuadamente el conocimiento científico acumulado en estos temas desde Gauss, Euler, Riemann, así como décadas de investigación en procesamiento de imágenes.
En su trabajo, los investigadores incluyen numerosas referencias científicas (como Monod, Lorenz o Feynman) que recuerdan el intento, cíclicamente repetido y poco exitoso, de introducir ideas filosóficas clásicas en el mundo científico.
Polémica epistemológica
La crítica formulada en este artículo no ha dejado indiferente a las comunidades filósofica y científica. En otro artículo de respuesta publicado en el mismo número de la revista , diez conocidos autores contestan al artículo del profesor Maojo y sus colaboradores.
Dos de ellos, filósofos, introducen ásperas críticas, argumentando la validez de las ideas filosóficas en el área de las ontologías computacionales y su contribución a la ciencia moderna. Otros, al contrario, indican que la formalización de ontologías restringidas a la filosofía clásica no es adecuada para los modelos computacionales.
Los editores de la revista han escrito, asimismo, un editorial sobre el tema en el que, sin tomar partido, explican los elementos de la discusión para permitir a los lectores que se formen la mejor opinión. La polémica está servida.
Qué son las ontologías computacionales
Las ontologías (computacionales) son conceptualizaciones de un dominio, usadas como referencia para el intercambio de información entre sistemas informáticos y bases de conocimiento semánticamente heterogéneos. Su desarrollo ha facilitado lo que se llama la “web semántica”.
Los investigadores pioneros en el tema decidieron llamar a esta técnica con el nombre de «ontologías», tomando prestando el nombre de la filosofía. Las ontologías, según esta acepción, son muy utilizadas en diversos campos para el manejo de grandes cantidades de datos y conocimiento.
Por ejemplo, multitud de empresas las usan en sus páginas web para organizar la información, así como otros muchos investigadores las usan en sus trabajos, particularmente en la biomedicina. La literatura reciente presenta miles de referencias a ellas.
Años después de ser propuestas, un grupo de filósofos proclamó que las ontologías (computacionales) deben basarse en ideas ontológicas clásicas (filosóficas), argumentando que les darían una mayor claridad, rigor y fundamento científico. Esto ha llevado al desarrollo de metodologías de formalización, basadas en la filosofía aristotélica, de ontologías computacionales, ampliamente aceptadas y usadas actualmente en biomedicina.
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